Historicamente  Limpias  fue uno de los puntos  importantes del camino hacia burgos, no en vano por aquí en 1497 paso el séquito real de Isabel La Catolica y su hija Juana rumbo a  Laredo para embarcar  hacia Flandes. Hasta el S. XIX contó con un importante puerto denominado del Ribero, gracias al calado del río Asón se exportaba  primero hierro, maderas hacia Flandes e  Inglaterra y  posteriormente  trigo hacía América. En la actualidad  ya  no hay ningún tipo de actividad  portuaria por  lo que ha sido sustituido por un bonito paseo a orillas del río Asón, así como un pequeño museo al aire libre que evoca su pasado naval.

Al calor del desarrollo económico y de la presencia de hidalgos vamos a  poder disfrutar de diversas casonas y palacios como la de los condes de Limpias, la de Pereda, la casona torre de Palacio… Dentro del patrimonio del municipio cabe destacar el Santuario del Cristo de la Agonía o como más popularmente se le conoce el Cristo de Limpias, que según cuentan llora, suda y sangra.

El Cristo de Limpias es una talla de gran realismo, le encontramos en la iglesia parroquial de San Pedro donde fue traída de Cádiz por un noble natural de la villa. La imagen cobró popularidad  a partir de 1919, cuando comenzaron a producirse en el Cristo de las Agonías manifestaciones de vida en forma de lágrimas, sudor y sangre. Los testigos fueron innumerables y durante bastante tiempo llegaron a Limpias peregrinaciones de toda España.

Dentro del municipio de Limpias se encuentra la villa de Seña. En ella se encuentra la iglesia parroquial, construida entre los siglos XVI y XVII, que destaca por su retablo mayor.